la philosophie est apporter par les personnages. On la retrouve dans les paroles et les motivations des personnages. La foi étant un des moteurs des "méchants". Mais on ne peut pas vraiment en parler sans faire de spoiler. Par exemple, dans le racisme entre meta-humain et humain. Dans le dernier épisodes, les paroles de celui qui as tout orchestrer sont très révélatrice, c'est probablement l'épisode le plus Philosophique et Théologique du jeu.
On trouve un peu partout des références à la religion chrétienne et à ses mythes, tout en étant à la sauce futuriste. On retrouve des mention et des clin d'oeil à l'âme et à la réincarnation, tout autant qu'à l'Éden dans les deux dernier jeu. Le premier étant surtout fait pour nous mettre l'eau à la bouche.
Il faut y jouer, et même y joueur plusieurs fois, pour vraiment comprendre toute les dimensions du jeu, car le mystère de l'histoire, des mythe et des codes est sur plusieurs niveau de compréhension que l'on ne peut voir qu'après avoir fini une première fois le jeu. Personnellement, j'ai garder mon PS2 seulement pour se jeu là. La seule chose que je regrette est qu'il n'ait fait que le premier jeu en anime.